Laboratoire des arbovirus, des fièvres hémorragiques virales, virus émergents et zoonoses

Centre National de Référence OMS pour la Rage

 

Centre National de Référence pour la Grippe (NIC/OMS)

 

Laboratoire National de Référence OMS pour les Fièvres Hémorragiques

Objectifs :

  • Contribuer à la surveillance épidémiologique et entomologique

  • Assurer la veille clinique et microbiologique par la description des maladies infectieuses émergentes

  • Caractériser les virus circulant afin de détecter de nouveaux variants

  • Décrire les cycles de transmission des différents virus

  • Identifier les espèces de moustiques présentes en RCA et déterminer leur rôle épidémiologique

Dr Emmanuel Nakouné Yandoko
Chargé de Recherche
Directeur scientifique
Chef du laboratoire
Maître Assistant, Université de Bangui
NAK action

Détection de la circulation d’Orthopoxvirus simiens en Afrique centrale

Objectif :
Se servir des connaissances antérieures pour réaliser une surveillance sérologique active dans les populations de Pygmées et Bantous en RCA, dans  les populations dans des zones rurales afin de réaliser une cartographie  des Orthopoxvirus simiens.

En RCA, 25/665 soient 3,76% de sérums de la surveillance fièvre jaune provenant de toutes les régions du pays ont été testés positifs en IgG Orthopoxvirus. Depuis 2001, 5 micro-épidémies de Monkeypox ont été détectées dont deux importantes: une en 2016 dans le district sanitaire de Bangassou (Sud-est de la RCA, frontière de la RDC) avec 13 cas notifiés dont 3 décès ; la deuxième est survenue à Bria (au centre du pays) avec 11 cas notifiés dont un décès. Le virus monkeypox a été mis en évidence par qPCR uniquement sur les échantillons de pus et vésicules ou sur sérums après culture sur souriceaux nouveau-nés. Le séquençage des amplicons réalisé sur le gène de l’hémagglutinine et d’une région partielle du gène ATI a montré que la souche responsable de ces cas  appartient au génotype Zaïre qui circule en Afrique centrale (RDC, Soudan, Cameroun et Gabon) et identique à celle qui a été mis en évidence lors des précédents reports de cas en RCA depuis 2001.

Le cas de 2016 est la première épidémie de monkeypox en RCA avec en outre la preuve de la transmission nosocomiale. D’autres épidémies similaires ont été signalées, en particulier en RDC et, plus récemment, dans la partie nord de la République du Congo. Il est évident que, dans les pays de la sous région, il existe de potentiel de survenue  d’épidémies plus importantes et plus fréquentes surtout nosocomiales.

Perspective :

Réaliser une enquête nationale de prévalence au niveau humain et animal afin de détecter les zones de haute prévalence et les principaux réservoirs pour renforcer la surveillance afin d’anticiper les épidémies.

Emergence virale en région intertropicale africaine avec l’identification et la caractérisation moléculaire de virus, basées sur des technologies à large spectre.

NAK chauve souris

Objectifs :

Le projet de collaboration entre l’Institut Pasteur de Bangui (IPB), l’Institut Pasteur de Paris et l’Institut Pasteur de la Guyane (IPG) a pour objectif la mise en place d’un réseau d’identification moléculaire des agents émergents en se basant sur l’utilisation de technologies moléculaires récentes comme les puces à ADN de re-séquençage et le séquençage à haut-débit ainsi que des méthodes plus classiques de virologie. Ce réseau d’identification sera appliqué dans un premier temps à l’identification et à la caractérisation d’une large collection de surnageants de cultures obtenues à partir d’échantillons biologiques variés (hommes, moustiques,..)et classifiés par des méthodes d’immunofluorescences à l’IPB. Dans un deuxième temps, il servira de base pour l’élaboration de futurs programmes de recherches au niveau local comme l’investigation de certains cas présentant un tableau clinique similaire à celui de la fièvre jaune (ictère et hémorragie fébrile) mais dont l’étiologie n’a pas pu être déterminée. À plus long terme, toutes ces méthodes seront utilisées pour identifier des virus dans toutes autres pathologies émergentes.

Résultats : Lors de ce PTR, 35 virus isolés à l’IPB, entre les années 1975 et 1985, ont été introduits dans ce réseau d’identification que ce soit en utilisant les puces à ADN ou le séquençage à haut-débit pour leur caractérisation moléculaire. Les ampoules correspondantes à ces virus ont été reconstituées dans les conditions optimales de sécurité (utilisation du laboratoire de haute sécurité P3, inauguré en 2011 à l’Institut Pasteur de Bangui). Les acides nucléiques ont été extraits puis amplifiés comme décrit ci-haut. Ce projet en cours a permis de caractériser un certain nombre de virus qui ont déjà fait l’objet de 3 publications.

En pratique, ces travaux ont permis :

1) De réellement faire travailler ensemble (réflexion mutuelle, adaptation continue aux questions soulevées,..) plusieurs équipes de l’Institut Pasteur de Paris et de deux Instituts du Réseau International en mettant en commun une expertise très importante en virologie médicale et moléculaire.

2) De valider les objectifs principaux du PTR avec la mise en place de plusieurs éléments du réseau d’identification moléculaire et son application à plusieurs aspects de santé publique en RCA.

3) De montrer une réactivité certaine des différents partenaires de ce PTR dans le domaine de la santé publique et de l’émergence virale avec comme exemple la recherche d’arbovirus avec les aspects virologique et entomologique.

Invasion d’Ae. albopictus dans les forêts de l’Afrique centrale et le risque d’apparition de nouveaux virus zoonotiques

The proboscis of an Aedes albopictus mosquito feeding on human blood. This mosquito, also known as the Asian Tiger Mosquito, is a known West Nile Virus vector. Photo by James Gathany, Centers for Disease Control

Objectifs :

Surveiller et comprendre comment Aedes albopictus envahit les écosystèmes forestiers de l’Afrique centrale, et, évaluer, compte tenu de son contact croissant avec la faune, pour établir quels virus zoonotique pourraient se propager aux populations humaines.

Aedes (Stegomyia) albopictus, une espèce de moustiques invasifs avec ses origines dans les zones forestières de l’Asie du Sud-Est, s’est récemment répandu à travers le monde, y compris l’Europe et l’Afrique centrale. Ae. albopictus a permis le développement et la transmission de nombreux arbovirus dans des conditions de laboratoire et est maintenant reconnu comme un vecteur principal de la dengue (DENV), de chikungunya (CHIKV) et zika (ZIKAV). Comme il a été signalé pour la première en Afrique centrale en 2000, Ae. albopictus est progressivement étendue sur la majeure partie de cette région pour devenir l’espèce dominante dans les milieux urbains et ruraux. Parallèlement à son expansion, il y a eu une augmentation des épidémies de DENV, CHIKV et ZIKAV, et de nouvelles souches virales ont été sélectionnés (CHIKV). Dans l’ensemble, la propagation d’Ae. albopictus en Afrique centrale, avec le remplacement conséquent des moustiques autochtones, la perturbation des équilibres épidémiologiques, et la sélection de nouveaux variants viraux causant des épidémies urbaines ou rurales massives a provoqué un remaniement majeur et dramatique de l’épidémiologie des arbovirus. La région est devenue une source de virus ayant la capacité de se propager dans et au-delà l’Afrique en raison de l’augmentation des flux de voyageurs internationaux.
Nous pensons que les effets sur la santé vont augmenter. D’après ce que l’on sait de la biologie d’Ae. albopictus dans sa région natale, il ne fait aucun doute que les limites écologiques en Afrique centrale n’a pas encore été atteint. L’espèce est actuellement et principalement signalé dans le compartiment d’origine anthropique, mais pourraient aussi facilement envahir le compartiment de la forêt en raison de sa propension à exploiter les collections d’eau naturels (roches et arbres trous) et son appétence importante pour les animaux. Ce modèle est compatible avec ce que nous avons observé au Gabon lors d’une étude pilote réalisée en 2014 dans la réserve nationale de faune de La Lopé. Aedes albopictus est répandu dans les villages à un certain nombre d’endroits de la forêt à distance, ce qui indique une interaction avec des hôtes sauvages comme sources de sang. La faune dans le parc national de la Lopé comprend plusieurs groupes de réservoirs potentiels de virus transmis par les moustiques enzootiques transmises par des espèces d’Aedes sylvestres (subgénero Stegomyia), qui sont phylogénétiquement liés à Ae. albopictus. Dans un tel contexte, nous émettons l’hypothèse que la propagation d’ Ae. albopictus dans les zones forestières aura des impacts multiples sur i) les communautés sylvestre de moustiques résident par le biais des interactions concurrentielles; ii) les cycles enzootiques viraux, par sa compétence vectorielle éprouvée pour une gamme de virus en circulation et appétence pour repas de sang animaux; iii) l’évolution du virus pour aboutir finalement à l’émergence de nouveaux virus et de leur transfert aux humains. Par conséquent, en ce qui concerne les questions de santé, tant au niveau local et mondial, il est donc essentiel et urgent d’évaluer les conséquences écologiques et épidémiologiques de la propagation du moustique tigre dans les forêts de conifères de l’Afrique centrale. Tel est le cadre du projet TIGERBRIDGE, qui adopte une approche très novatrice à cette question importante pour atteindre son objectif principal. TIGERBRIDGE est construit sur un consortium robuste (4 partenaires: MIVEGEC, EPV, unités UMMISCO * et IPB), qui réunit les domaines complémentaires nécessaires et les tâches (x6) pour atteindre son objectif ultime.

Mlle Garba Ouangole Sandra Miriella Charlène

2ème année de thèse

Ecole Doctorale Régionale en Infectiologie tropicale

Franceville, Gabon

Les conséquences des bouleversements géopolitiques sur la dynamique et l’épidémiologie de la rage en République centrafricaine

NAK rage

Contexte
Bien que la rage soit un réel problème de santé publique, elle demeure une maladie négligée en Afrique où cause environ 24 millions de décès par an en dépit des vaccins humains et animaux disponibles. Plusieurs crises socio-militaro-politiques sont survenues sur le continent, cependant,  leur impact sur la dynamique et l’épidémiologie de la rage n’ont  jamais été étudiée.

Objectif

Déterminer si les  bouleversements géopolitiques en RCA ont modifié la dynamique de circulation et l’épidémiologie de la rage dans la ville de Bangui.

Méthodes
La base de données de la clinique vétérinaire a été analysée pour évaluer l’impact de la crise. Le gène N des échantillons positifs a été amplifié par RT-PCR puis séquencé et une analyse phylogénétique a été réalisée pour déterminer l’origine des différentes souches circulant avant et après la crise.

Résultats
De Janvier à août 2016, 1098 personnes exposées aux animaux suspects ont été enregistrées, 835 ont reçu une prophylaxie post-exposition. Plus de 95% des personnes exposées provenaient de Bangui et environ 60% étaient âgés de moins de 15 ans. Six cas  6 de décès humains dus à la rage ont été enregistrés. Au total 995 animaux ont été incriminés et 95% des cerveaux d’animaux suspects testés étaient positifs. L’analyse phylogénétique  a montré la circulation de virus appartenant à deux lignées phylogénétiques Afrique I et II.Rage 2

Conclusion

Ces données préliminaires indiquent que le déplacement des populations et l’abandon des animaux de compagnie suite aux troubles politiques ont contribué à l’amplification de la rage canine causée par les souches qui circulaient dans le pays avant la crise, modifiant ainsi la dynamique de la propagation de celles-ci ainsi que l’épidémiologie de la maladie.

Mr KOMOYO-POUNOUMOUDJOU Giscard Francis
2ème année de thèse
Ecole Doctorale Régionale en Infectiologie tropicale
Franceville, Gabon

KOMOYO MANIPE

Etiologies virales des infections respiratoires aigües et caractérisation antigénique des virus grippaux circulants en RCA (janvier – décembre 2015)

grippe 2

Contexte : Les infections des voies respiratoires sont responsables de forte morbidité et de mortalité chez les enfants et les personnes âgées. Les virus grippaux font partie des agents responsables d’épidémie annuelle, malheureusement les caractéristiques antigéniques des souches isolées en RCA n’ont jamais été déterminés.

Objectif : Cette étude vise à caractériser les virus grippaux circulants en vue de participer à la définition annuelle de nouveaux vaccins.

Méthodes : La technique de RT-PCR temps réel a été utilisée pour la détection des virus grippaux. Les échantillons révélés positifs ont été inoculés à des lignées cellulaires MDCK et les surnageants ont été récoltés à J3, J5 ou J9 puis re-testés en RT-PCR temps réel. Le surnageant d’échantillons révélés positifs a été envoyé au WHO Collaborating Centre for Reference and Research on Influenza à Londres pour la caractérisation antigénique.

Résultats : Sur un total de 1425 testés pour les virus grippaux, 96 (6.7%) étaient positifs dont 42 (3%) H1N1pdm09, 38 (2,66%) H3N2 et 16 (1,1%) influenza B. Après culture, 17 surnageants de culture positive (9 H1N1pdm09 et 8 H3N2) ont été envoyés pour la caractérisation.  Sept souches de H1N1 pdm09 étaient révélés sensibles aux inhibiteurs de la neuraminidase (Os IC50 : 0,98 à 2,52 et Zan IC50 : 0,44 à 1,26) et deux souches révélés négatifs. Sur huit souches d’influenza A/H3N2, une seule (1/8) souche était caractérisée et trouvée sensible aux principaux inhibiteurs (Os IC50 à 0,26 et Zan IC50 à 0,35). Parmi les souches d’influenza A/H1N1pdm09, 4 ont inhibé l’hémagglutinine à un titre de 640 et les 3 autres à un titre de 1280. Parmi les souches influenza A/H1N1pdm09 caractérisées, 6 appartiennent au groupe antigénique 6.1B et une au groupe 6B. L’unique souche A/H3N2 caractérisée appartient au groupe antigénique 3C2a.

Conclusion : La surveillance a permis de détecter les virus influenza A/H1N1pdm09, A/H3N2 et prouver que ces virus ne sont pas porteurs de gènes de résistance dirigés contre les principaux inhibiteurs de la neuraminidase.

 

Diagnostic différentiel des ictères fébriles en République Centrafricaine

Mlle Bobossi Gadia Christelle Luce

Master II, Microbiologie appliquée

L’ictère est un symptôme qui se traduit cliniquement par une coloration jaune généralisée des téguments et des muqueuses due à un excès de bilirubine plasmatique. On en distingue  deux types : ictère à bilirubine libre et ictère à bilirubine conjuguée. Un ictère fébrile est accompagné de fièvre avec une température supérieure à 37°5 le matin et 38°C le soir ce qui conduit à un signe d’alarme quelque soit le type d’ictère. Devant un ictère, la présence d’un état fébrile ne permet en rien d’affirmer une origine infectieuse, des substances pyrogènes peuvent être libérées à la faveur d’une autre affection.Benj manipe

 Les ictères fébriles relèvent de plusieurs étiologies. Ils  peuvent être secondaires à une hémolyse  (destruction des globules rouges libérant l’hémoglobine dans le plasma sanguin) ou à une cholestase (diminution ou arrêt de la sécrétion biliaire, défaut de transport des acides biliaires  du foie vers l’intestin) d’origine intra ou extra hépatique. L’hémolyse peut être infectieuse par atteinte directe du globule rouge par un agent infectieux (plasmodium etc.), ou par mécanisme auto-immun accompagnant les infections bactériennes (mycoplasme, chlamydiae etc.) ou encore virales (VHA, Epstein Barr virus, Cytomégalovirus, virus de l’hépatite B, virus de l’immunodéficience humaine).

D’autres virus peuvent être à l’origine d’ictère comme le virus de l’hépatite B, E ; le virus de l’Ebola, la mononucléose infectieuse, les oreillons, la rougeole, la rubéole et le coxackie virus. La cholestase intrahépatique  peut être d’origine infectieuse. Les hépatites virales sont la cause la plus fréquente. Les hépatites peuvent aussi être bactériennes (la typhoïde, la brucellose, la syphilis, la leptospirose etc.) ou parasitaires (le paludisme, la toxoplasmose, la bilharziose etc.)

 Les hépatites toxiques, surtout médicamenteuses et les hépatites auto-immunes peuvent aussi entraîner un ictère fébrile par cholestase intrahépatique. Les tumeurs bénignes ou malignes de la voie biliaire peuvent aussi occasionner un ictère fébrile.

Devant tout ictère fébrile, chez l’enfant, les étiologies  les plus incriminées sont le paludisme et l’hépatite virale A (HVA). Or chez l’adulte la fièvre jaune et les hépatites virales sont les plus incriminées. La possibilité de l’association des maladies hépatiques avec d’autres maladies bactériennes, parasitaire, virale et leur gravité potentielle justifieraient un diagnostic différentiel.

Dans le cadre de la surveillance de la fièvre jaune en République Centrafricaine, tout patient présentant une fièvre et un ictère était systématiquement prélevé. L’analyse de ces échantillons contre les IgM fièvre jaune étant pour la plupart négative, il était donc indispensable pour les cliniciens d’avoir un diagnostic différentiel pour leur permettre une bonne prise en charge des patients.

L’objectif général de cette étude est de rechercher la part des autres agents pathogènes susceptibles de provoquer les ictères fébriles en République Centrafricaine.

De manière spécifique, il s’agit de :

  • Déterminer la prévalence des autres agents pathogènes responsables des ictères fébriles en RCA,
  • Déterminer la distribution  de ces agents pathogènes responsables des ictères fébriles en RCA

L’équipe

NAKOUNE

Dr Emmanuel Nakouné Yandoko
Chargé de Recherche
Directeur scientifique
Chef du laboratoire
Maître Assistant, Université de Bangui
emmanuel.nakoune@pasteur-bangui.org

VICKOS Ulrich
MD, MSc, PgDip
Maladies infectieuses et tropicales /Recherche
vickos.ulrich@gmx.com

KOMOYO

KOMOYO
POUNOUMOUDJOU
Giscard Francis
PhD syudent à EDR
socratekomoyo@yahoo.fr

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GARBA
OUANGOLE
Sandra
PhD student à EDR
sandragarbaouangole@yahoo.fr

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SELEKON Benjamin
Ingénieur Techniques Biomédicales
Superviseur du Laboratoire
selekonben@yahoo.fr

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KONAMNA Xavier
Ingénieur Techniques Biomédicales
xavierkonamna2002@yahoo.fr

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 IPERO Julienne
Ingénieur en Techniques Biomédicales

BOBOSSI-GADIA
Christelle Luce
Master 2
Biologie santé
bchristelleluce@yahoo.fr

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SEM-OUILIBONA Rita
Master 2
Biologie santé
ritasem72@yahoo.com

KPILIMBI SAKABA Guy-André
Master 2
Biologie santé
gaksde@gmail.com

M1

OZZIN-KHOLY Cyrille
Master 1
Biochimie
ocyrilleoliver@yahoo.com