Dans les années 2000, d’importants travaux de rénovation sont entrepris, par le Docteur Antoine Talarmin, Directeur de l’Institut Pasteur de Bangui de 2001 à 2005.

Le projet de construction d’un laboratoire de sécurité BSL2 pour la bactériologie et BSL3 pour la virologie est initié.

Pendant ces quatre années et malgré une situation politique et économique instable, l’Institut continue d’évoluer et constitue, plus que jamais, un élément incontournable du système de santé centrafricain, reconnu par le Ministère, la coopération française et les instances internationales.

2001