Une étude phylogénétique révèle la généalogie de la bactérie Vibrio cholerae à l’origine des quatre flambées de choléra connues en République centrafricaine entre 1997 et 2016. L’étude a montré que les isolats de flambée étaient de Vibrio cholerae O1 sérotype Inaba de trois septièmes sous-lignées de la septième épidémie tous originaires d’Afrique de l’Ouest (sous-lignées T7 et T9) ou de la Région des Grands Lacs Africains.

La souche de sérogroupe Vibrio cholerae O1 est une bactérie à Gram négatif causant le choléra, une maladie d’origine hydrique et alimentaire ayant un potentiel épidémique et pandémique. Cette infection intestinale aiguë peut provoquer chez les patients une déshydratation conduisant à la mort. Vibrio cholerae O1 se divise en deux sérotypes, Inaba et Ogawa.

La République Centrafricaine (RCA) a été confrontée à quatre flambées de choléra entre 1997 et 2016. Le premier épisode de l’épidémie de choléra s’est déclaré entre temps en 1997 dans la localité de Ngaoundaï, une zone frontalière avec le Tchad. Le 30 septembre 2011, elle a resurgi dans le sud-est du pays touchant quelques zones frontalières avec la RDC dans la préfecture sanitaire de la Lobaye puis dans l’Ombella Mpoko, dans les villages de Sédalé, Ngbango, Bongo et Zinga situés le long du fleuve. La troisième épidémie de choléra a été déclarée le 10 août 2016. Elle a débuté à Djoukou, une région située le long de la rivière Oubangui à 100 km en amont de la capitale, Bangui. Dans cette région, les populations ont peu ou pas accès à l’eau potable et utilisent la rivière Oubangui comme source principale d’approvisionnement en eau. Des personnes contaminées voyageant à bord de bateaux surpeuplés ont transporté la bactérie en aval. La quatrième épidémie a été déclarée le 15 octobre 2016 dans le village de Gbabaté située sur le fleuve Oubangui dans la sous-préfecture de Kouango.

Les données phylogénétiques ont montré que les souches 7PET à l’origine des flambées de choléra de 2011 et 2016 en RCA se sont propagées de la Région des Grands Lacs Africains à la partie occidentale de la RDC et de la RCA.

Sauf lors de l’épidémie dans le nord-ouest de la RCA en 1997, tous les cas de choléra ont été signalés le long ou à proximité de la rivière Oubangui, ce qui suggère que les souches de 7PET se sont probablement déplacées de zone en zone le long des routes commerciales et avec le déplacement des populations humaines.

La septième pandémie de choléra (dont on fixe le début à 1961)1 est l’épidémie de choléra actuellement en cours. Elle est due au Vibrio cholerae (vibrion cholérique), qui sévit sous forme de vagues épidémiques successives dans une partie du monde depuis les années 1960, notamment dans plusieurs pays en développement où manquent les accès à l’eau propre et à l’assainissement, comme la République démocratique du Congo et Haïti2 ; cette épidémie n’est toujours pas maitrisée en 2018 (1 304 décès ont été répertoriés en 2015). (Source wikipédia)

L’étude « Septième épidémie de Vibrio cholerae O1 sous-lignées en République centrafricaine, 1997-2016 » a cherché à mieux comprendre comment cette souche a circulé en République Centrafricaine.