Une étude décrit pour la toute première fois en République Centrafricaine des cas de bactériémie à Burkholderia cenocepacia IIIA jamais rapportés   auparavant chez des nouveau-nés dans une maternité de Bangui et prouve l’efficacité de l’analyse de séquence multilocus (MLSA) pour l’identification précise de l’espèce Burkholderia cenocepacia.

Les bactéries du complexe Burkholderia cenocepacia (Bcc) sont des agents pathogènes humainspouvant entraîner des infections sévères chez les personnes atteintes de mucoviscidose et chez les immunodéprimés. Elles ont une transmissibilité élevée en milieu hospitalier, une résistance intrinsèque à de nombreux antibiotiques et peuvent survivre en présence de certains désinfectants. L’analyse biochimique des espèces parmi les Bcc est peu discriminante et conduit souvent à des erreurs d’identification. Les cas pédiatriques sont rarement rapportés, encore plus dans les pays en développement.

Du 07/01/2018 au 08/02/2018, dans une maternité de Bangui, cinq nouveau-nés , par accouchement vaginal (4) et césarienne (1)  elles ont été admises à la maternité néonatale en raison d’un risque d’infection (deux nouveau-nés), d’asphyxie sévère (un) ou de prématurité (un). Lors de l’admission, ils ont tous été suspectés de septicémie, présentant une fièvre traitée par ampicilline et gentamicine (antibiothérapie de première intention selon le protocole clinique). Ils ont tous été changés en deuxième ligne pour lacéfotaxime, après au moins 48 heures de première ligne. Quatre des nouveau-nés ont guéri, tandis que le cinquième est décédé.

Des échantillons de sang ont été prélevés sur ces enfants symptomatiques après 48 heures de non-réponse à la première ligne et soumis au laboratoire de bactériologie de l’Institut Pasteur de . Tous les échantillons étaient positifs en bactériologie conventionnelle pour un bacille Gram négatif identifié comme Burkholderia cepacia par API 20NE. De plus, les souches étaient résistantes à la pipéracilline, à la ticarcilline-clavulanate, à la ceftazidime, au céfépime, à l’imipénem et à la gentamicine, mais trois isolats sont restés sensibles au cotrimoxazole.  Comme B. cepacia n’avait jamais été isolé auparavant à partir d’une hémoculture en RCA, nous avons choisi d’identifier la souche en utilisant le typage moléculaire. Une expérience de séquençage de fusil de chasse du génome entier et l’assemblage des cinq colorants, nommés 18-0020, 18-0021, 18-0022, 18-0023 et 18-0024, a été réalisée en utilisant la technique de séquençage de nouvelle génération (NGS) (Illumina Miseq) ]. L’arbre de Neighbor-Joining (NJ) dérivé des séquences des gènes atpD, gltB, gyrB, recA, lepA, phaC, trpB a montré que les cinq isolats appartiennent à Burkholderia cenocepacia IIIA. Les cinq isolats étaient identiques à 100% pour chaque partie interne des gènes domestiques sélectionnés.

Cette étude https://www.panafrican-med-journal.com/content/article/36/330/fullest une grande première en Centrafrique et représente un grand espoir dans la lutte contre ces infections néonatales contres lesquelles les cliniciens sont relativement impuissants. Elle démontre également l’application d’une méthode moléculaire basée sur le schéma MLSA pour identifier avec précision l’espèce B. cenocepacia III A car les méthodes phénotypiques basées sur l’analyse biochimique se sont avérées non appropriées pour l’identification Bcc.