Deux membres de la Cellule d’Intervention Biologique d’Urgence (CIBU) et de l’unité de recherche et d’expertise ERI de l’Institut Pasteur à Paris, le Dr Nicolas BERTHET et Aurélia KWASIBORSKI, ont été accueillis entre le 18 et le 28 juin 2019 à l’Institut Pasteur de Bangui pour l’implémentation de la technologie MinION dans le cadre du projet EBOSURSY.

Ce projet regroupe à la fois des équipes de l’Institut Pasteur/Réseau International des Instituts Pasteur, de l’IRD et du CIRAD réunies sous l’égide de l’OIE pour développer un projet “One health” ambitieux avec 10 pays africains de l’ouest et du centre et qui a pour but de renforcer les capacités de surveillance de la maladie à virus Ebola et des maladies zoonotiques prioritaires, en particulier la maladie à virus de Marburg, la fièvre de la vallée du Rift, la fièvre hémorragique de Crimée-Congo et la fièvre de Lassa.

Cette technologie de séquençage en temps réel est une approche innovante qui a déjà fait ses preuves sur le terrain, notamment avec la caractérisation du virus Ebola lors des différentes épidémies qui sont apparues en Afrique de l’ouest et plus récemment en République Démocratique du Congo. Celle-ci pourrait apporter une aide précieuse pour réaliser une meilleure identification et caractérisation moléculaire des virus émergents en République Centrafricaine (RCA). En effet, la RCA est un pays où régulièrement de nombreuses émergences ou ré-émergences de virus connus, ou mal connus, apparaissent et dont la caractérisation moléculaire est difficile localement en raison de l’absence d’un plateau technique adéquat. L’implémentation de cette technologie à l’Institut Pasteur de Bangui (IPB) permettrait de palier ce manque et de connaître plus rapidement les informations génomiques sur les agents infectieux identifiés lors des différents programmes de surveillance mis en place par l’IPB.

Cette première mission a permis la formation de plusieurs scientifiques des équipes de recherche de Virologie de l’Institut Pasteur de Bangui avec une mise en application dans des situations concrètes. En effet, la mise en œuvre de la technologie a été réalisée en re-séquençant deux souches du virus de la fièvre de la vallée du Rift isolées en République Centrafricaine dans les années 1980. Après cette première étape réussie, plusieurs autres souches virales obtenues à partir de cas fébriles humains et isolées après inoculation sur cerveaux de souriceaux ont pu être mieux caractérisées par cette approche. Enfin, l’apport de la technologie a été également évalué en séquençant directement plusieurs virus Monkeypox depuis des prélèvements primaires. Même si les données générées lors de cette première mission sont encore en cours d’analyses, les résultats préliminaires sont encourageants et confirment tout le potentiel de cette technologie. En effet, l’association de cette technologie avec les méthodes de diagnostic déjà disponibles à l’Institut permettrait aux équipes de l’IPB d’être encore plus efficaces dans la surveillance à la fois des arbovirus et des fièvres hémorragiques que dans une meilleure caractérisation moléculaire des épidémies récurrentes au virus Monkeypox qui touchent la RCA.