Jean-Marc ZOKOUE

Le premier cas documenté d’un enfant malnutri de 36 mois co-infecté VIH/VHE en République Centrafricaine démontre que cette co-infection chez un enfant souffrant de malnutrition aiguë sévère peut accélérer une issue fatale. Il est important de rechercher aussi bien le VHE que les parasites intestinaux chez des enfants malnutris vivants avec le VIH afin d’éviter d’éventuelles complications fatales.

L’infection par le virus de l’hépatite E (VHE) est une cause d’hépatite virale à travers le monde et une préoccupation majeure de santé publique. Le VHE peut donner une hépatite fulminante sévère et surtout dangereuse pour les femmes enceintes. Il existe 4 génotypes du VHE. Les génotypes 1 et 2 sont souvent transmis à travers la consommation d’eau souillée par les matières fécales. Ces génotypes sont ubiquitaires mais rencontrés le plus souvent dans les pays à faible niveau d’hygiène. Le génotype 3 est d’origine zoonotique et plus souvent rencontré dans les pays développés alors que le génotype 4 est plus spécifiquement décrit en Chine.

La caractérisation moléculaire de la souche de VHE isolée chez un enfant de 36 mois infecté par le VIH au Centre Hospitalier Universitaire Pédiatrique de Bangui, a révélé qu’il s’agissait du génotype 3c (doi:10.3390/idr12030017). C’est la première fois que le génotype 3 est isolé en République Centrafricaine bien qu’il soit à l’état endémique dans le pays. De plus, c’est également la première fois, au niveau mondial, que ce génotype soit isolé chez un enfant infecté par le VIH souffrant de malnutrition aiguë sévère. Ce résultat montre que devant des cas de malnutrition aiguë sévère, surtout dans les pays à faible niveau d’hygiène, il est nécessaire de procéder aussi bien à la recherche des parasites intestinaux que du VIH et de VHE afin d’éviter d’éventuelles complications dues à ces virus.

Une étude décrit pour la toute première fois en République Centrafricaine des cas de bactériémie à Burkholderia cenocepacia IIIA jamais rapportés   auparavant chez des nouveau-nés dans une maternité de Bangui et prouve l’efficacité de l’analyse de séquence multilocus (MLSA) pour l’identification précise de l’espèce Burkholderia cenocepacia.

Les bactéries du complexe Burkholderia cenocepacia (Bcc) sont des agents pathogènes humainspouvant entraîner des infections sévères chez les personnes atteintes de mucoviscidose et chez les immunodéprimés. Elles ont une transmissibilité élevée en milieu hospitalier, une résistance intrinsèque à de nombreux antibiotiques et peuvent survivre en présence de certains désinfectants. L’analyse biochimique des espèces parmi les Bcc est peu discriminante et conduit souvent à des erreurs d’identification. Les cas pédiatriques sont rarement rapportés, encore plus dans les pays en développement.

Du 07/01/2018 au 08/02/2018, dans une maternité de Bangui, cinq nouveau-nés , par accouchement vaginal (4) et césarienne (1)  elles ont été admises à la maternité néonatale en raison d’un risque d’infection (deux nouveau-nés), d’asphyxie sévère (un) ou de prématurité (un). Lors de l’admission, ils ont tous été suspectés de septicémie, présentant une fièvre traitée par ampicilline et gentamicine (antibiothérapie de première intention selon le protocole clinique). Ils ont tous été changés en deuxième ligne pour lacéfotaxime, après au moins 48 heures de première ligne. Quatre des nouveau-nés ont guéri, tandis que le cinquième est décédé.

Des échantillons de sang ont été prélevés sur ces enfants symptomatiques après 48 heures de non-réponse à la première ligne et soumis au laboratoire de bactériologie de l’Institut Pasteur de . Tous les échantillons étaient positifs en bactériologie conventionnelle pour un bacille Gram négatif identifié comme Burkholderia cepacia par API 20NE. De plus, les souches étaient résistantes à la pipéracilline, à la ticarcilline-clavulanate, à la ceftazidime, au céfépime, à l’imipénem et à la gentamicine, mais trois isolats sont restés sensibles au cotrimoxazole.  Comme B. cepacia n’avait jamais été isolé auparavant à partir d’une hémoculture en RCA, nous avons choisi d’identifier la souche en utilisant le typage moléculaire. Une expérience de séquençage de fusil de chasse du génome entier et l’assemblage des cinq colorants, nommés 18-0020, 18-0021, 18-0022, 18-0023 et 18-0024, a été réalisée en utilisant la technique de séquençage de nouvelle génération (NGS) (Illumina Miseq) ]. L’arbre de Neighbor-Joining (NJ) dérivé des séquences des gènes atpD, gltB, gyrB, recA, lepA, phaC, trpB a montré que les cinq isolats appartiennent à Burkholderia cenocepacia IIIA. Les cinq isolats étaient identiques à 100% pour chaque partie interne des gènes domestiques sélectionnés.

Cette étude https://www.panafrican-med-journal.com/content/article/36/330/fullest une grande première en Centrafrique et représente un grand espoir dans la lutte contre ces infections néonatales contres lesquelles les cliniciens sont relativement impuissants. Elle démontre également l’application d’une méthode moléculaire basée sur le schéma MLSA pour identifier avec précision l’espèce B. cenocepacia III A car les méthodes phénotypiques basées sur l’analyse biochimique se sont avérées non appropriées pour l’identification Bcc.

Une étude phylogénétique révèle la généalogie de la bactérie Vibrio cholerae à l’origine des quatre flambées de choléra connues en République centrafricaine entre 1997 et 2016. L’étude a montré que les isolats de flambée étaient de Vibrio cholerae O1 sérotype Inaba de trois septièmes sous-lignées de la septième épidémie tous originaires d’Afrique de l’Ouest (sous-lignées T7 et T9) ou de la Région des Grands Lacs Africains.

La souche de sérogroupe Vibrio cholerae O1 est une bactérie à Gram négatif causant le choléra, une maladie d’origine hydrique et alimentaire ayant un potentiel épidémique et pandémique. Cette infection intestinale aiguë peut provoquer chez les patients une déshydratation conduisant à la mort. Vibrio cholerae O1 se divise en deux sérotypes, Inaba et Ogawa.

La République Centrafricaine (RCA) a été confrontée à quatre flambées de choléra entre 1997 et 2016. Le premier épisode de l’épidémie de choléra s’est déclaré entre temps en 1997 dans la localité de Ngaoundaï, une zone frontalière avec le Tchad. Le 30 septembre 2011, elle a resurgi dans le sud-est du pays touchant quelques zones frontalières avec la RDC dans la préfecture sanitaire de la Lobaye puis dans l’Ombella Mpoko, dans les villages de Sédalé, Ngbango, Bongo et Zinga situés le long du fleuve. La troisième épidémie de choléra a été déclarée le 10 août 2016. Elle a débuté à Djoukou, une région située le long de la rivière Oubangui à 100 km en amont de la capitale, Bangui. Dans cette région, les populations ont peu ou pas accès à l’eau potable et utilisent la rivière Oubangui comme source principale d’approvisionnement en eau. Des personnes contaminées voyageant à bord de bateaux surpeuplés ont transporté la bactérie en aval. La quatrième épidémie a été déclarée le 15 octobre 2016 dans le village de Gbabaté située sur le fleuve Oubangui dans la sous-préfecture de Kouango.

Les données phylogénétiques ont montré que les souches 7PET à l’origine des flambées de choléra de 2011 et 2016 en RCA se sont propagées de la Région des Grands Lacs Africains à la partie occidentale de la RDC et de la RCA.

Sauf lors de l’épidémie dans le nord-ouest de la RCA en 1997, tous les cas de choléra ont été signalés le long ou à proximité de la rivière Oubangui, ce qui suggère que les souches de 7PET se sont probablement déplacées de zone en zone le long des routes commerciales et avec le déplacement des populations humaines.

La septième pandémie de choléra (dont on fixe le début à 1961)1 est l’épidémie de choléra actuellement en cours. Elle est due au Vibrio cholerae (vibrion cholérique), qui sévit sous forme de vagues épidémiques successives dans une partie du monde depuis les années 1960, notamment dans plusieurs pays en développement où manquent les accès à l’eau propre et à l’assainissement, comme la République démocratique du Congo et Haïti2 ; cette épidémie n’est toujours pas maitrisée en 2018 (1 304 décès ont été répertoriés en 2015). (Source wikipédia)

L’étude « Septième épidémie de Vibrio cholerae O1 sous-lignées en République centrafricaine, 1997-2016 » a cherché à mieux comprendre comment cette souche a circulé en République Centrafricaine.