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2 novembre 2022 – Développement de tests pour diagnostiquer l’infection par le MPXV en moins de 30 minutes

Le virus du monkeypox (MPXV) est un pathogène tropical négligé dont l’émergence récente a accéléré l’étude. Dans ce contexte, les chercheurs du Pasteur Network ont mis au point des tests de diagnostic rapide du MPXV qui peuvent être visualisés à l’œil nu en moins de 30 minutes, et qui sont aussi cohérents que le test d’acide nucléique basé sur la PCR actuellement utilisé pour le diagnostic du MPXV. Ce nouvel outil de diagnostic contribuera au contrôle et à la prévention des épidémies de MPXV.

En mai 2022, des épidémies de virus du monkeypox (MPXV) ont été signalées simultanément en Europe, en Amérique du Nord et en Amérique du Sud, en dehors des régions d’endémie du virus en Afrique. Les chercheurs du Pasteur Network ont collaboré pour développer et valider des tests de détection rapide du MPXV. Ces tests nouvellement conçus peuvent produire des résultats fiables par fluorescence ou par flux latéral sur une bandelette en 20 à 30 minutes. Menée par les équipes d’Emmanuel Nakouné (Institut Pasteur de Bangui) et de Nicolas Berthet et Gary Wong (Institut Pasteur de Shanghai), l’étude présentant les résultats de ces tests de diagnostic rapide a été publiée dans la revue Viruses.

Les tests sont basés sur l’amplification isotherme d’une région ciblée du génome du virus, et sont basés sur la recombinase avec ou sans CRISPR/Cas12. Les tests ont donné des résultats cohérents avec le test moléculaire de référence, la PCR en temps réel, pour les 19 échantillons cliniques utilisés pour valider le test. En outre, les tests étaient spécifiques et ne présentaient pas de réaction croisée avec d’autres poxvirus, tels que le virus de la vaccine.

Le MPXV, un pathogène tropical négligé, est étroitement lié à la variole, une maladie qui a été éradiquée chez l’homme depuis les années 1980. Bien que des épidémies de MPXV soient régulièrement signalées en Afrique parmi les communautés les plus pauvres, la maladie reste peu étudiée, même après que la première épidémie de MPXV a été signalée en dehors de la zone d’endémie aux États-Unis en 2003. La détection rapide, sensible et spécifique du MPXV est essentielle pour informer les autorités sanitaires des cas suspects le plus rapidement possible, afin de suivre l’évolution des épidémies. Ces résultats fournissent donc une plateforme de point de soins pour le diagnostic précoce des cas potentiels de MPXV, et contribueront à la prévention et au contrôle des épidémies actuelles et futures de MPXV.

Pour plus d’informations :

Lingjing Mao, Jiaxu Ying, Benjamin Selekon, Ella Gonofio, Xiaoxia Wang, Emmanuel Nakoune, Gary Wong*, Nicolas Berthet*.

Développement et caractérisation de tests d’amplification isothermes basés sur la recombinase (RPA/RAA) pour la détection rapide du virus Monkeypox. Virus, 2022, 14, 2112.

https://doi.org/10.3390/v14102112.

* auteurs correspondants

2022-11-02T11:49:36+00:00juillet 16th, 2022|Actualités, MONKEYPOX, Recherche|

6 décembre 2021 – Le Comité des médicaments de l’Agence Européenne des Médicaments a publié son avis sommaire à l’appui de l’approbation de la demande d’autorisation de mise sur le marché de SIGA de Tecovirimat (TPOXX®) pour son utilisation dans le cadre du traitement de la variole, de la variole du singe, de la variole bovine et des complications dues à la vaccination contre la vaccine.

Le Comité des médicaments de l’Agence Européenne des Médicaments a publié son avis sommaire à l’appui de l’approbation de la demande d’autorisation de mise sur le marché de SIGA de Tecovirimat dans le cadre du traitement des complications de la variole, de la variole du singe, de la cowpox et de la vaccine. L’Institut Pasteur de Bangui et l’Université d’Oxford débuteront l’utilisation de cette molécule dans le cadre d’une étude compassionnelle d’efficacité du Tecovirimat pour traiter des patients atteints de variole du singe en impasse thérapeutique à M’baïki.

La variole du singe ou Monkeypox est une pathologie létale dans 1 à 10 % des cas en République Centrafricaine où les épidémies de Monkeypox sont récurrentes dans certaines régions du pays. On connait sa clinique, proche de la variole, mais on ne lui connait pas de traitement curatif. Il n’existe actuellement aucun traitement spécifique recommandé pour le Monkeypox.

SIGA Technologies collabore avec l’Université d’Oxford au Royaume-Uni pour fournir TPOXX® (Tecovirimat) dans le cadre d’un protocole d’accès élargi pour traiter les personnes atteintes de la variole du singe en République centrafricaine. L’Université d’Oxford parraine le protocole et l’étude en République Centrafricaine. SIGA a annoncé le 16 novembre 2021 que le Comité des médicaments de l’Agence Européenne des Médicaments a publié son avis sommaire à l’appui de l’approbation de la demande d’autorisation de mise sur le marché de SIGA de Tecovirimat.

L’Institut Pasteur de Bangui, qui fête ses 60 ans cette année, agit en tant que coordinateur et responsable de la supervision et de la conduite de l’étude en République Centrafricaine, y compris la gestion des sites d’investigation, l’hébergement de la base de données des essais cliniques et la réalisation des tests biologiques. Le Ministère de la Santé et de la Population de la République Centrafricaine sera responsable de l’administration de TPOXX (Tecovirimat) aux patients infectés par la variole du singe en impasse thérapeutique sur les sites d’investigation sélectionnés.

L’Institut Pasteur Bangui collabore avec le ministère de la Santé pour former le personnel de santé et optimiser l’administration et le suivi du traitement par Tecovirimat. Bien qu’il ne s’agisse pas d’un essai clinique formel, le programme d’accès élargi sera mené conformément aux bonnes pratiques cliniques, fournissant des informations importantes sur les effets du Tecovirimat lorsqu’il est administré dans des conditions réelles. Une mission de l’Institut Pasteur de Bangui a été récemment à Mbaïki dans ce cadre.

2021-12-07T07:51:34+00:00décembre 6th, 2021|Actualités, ALERRT, News, Recherche|

2 juin 2021 – Une première étude approfondie du Virus Respiratoire Syncytial (VRS) en République Centrafricaine fournit des données importantes à la compréhension de son épidémiologie et au développement de stratégies de prévention efficaces et d’approches thérapeutiques ciblées.

Une première étude épidémiologique moléculaire du Virus Respiratoire Syncytial (VRS) en République Centrafricaine a montré que la prévalence du VRS était significativement plus élevée chez les nourrissons de moins de 6 mois parmi les enfants hospitalisés avec des fluctuations annuelles et saisonnières. Une circulation concomitante du VRS-A et du VRS-B avec une prédominance alternée et un remplacement temporel du génotype NA1 du VRS-A par ON1 a également été observée.

 

Le virus respiratoire syncytial (VRS) est l’un des principaux agents pathogènes viraux à l’origine d’infections respiratoires aiguës sévères (IRAS) chez les enfants de moins de 5 ans. Les voies respiratoires infantiles sont plus petites et les atteintes peuvent être très sévères. Chaque année dans le monde on compte près de 30 millions de cas d’infections aiguës des voies respiratoires inférieures. La réponse immunitaire au virus respiratoire syncytial ne protège pas contre une réinfection et il n’existe pas de vaccin autorisé.

Le VRS a rarement été étudié en République centrafricaine (RCA). En profitant du réseau national de surveillance de la grippe en République centrafricaine, une étude a visé à fournir les premières informations sur la prévalence, la saisonnalité et les manifestations cliniques du VRS en RCA sur 4 ans de surveillance. Des co-infections bactériennes avec Staphylococcus aureus, Hemophilus influenzae, Moraxella catarrhalis, Streptococcus pneumoniae et/ou co-infections par le virus de la grippe A virales ont été retrouvées dans certains cas et la caractérisation moléculaire du VRS a permis d’identifier les génotypes ON1 et NA1 pour le VRS-A. Lire l’article.

Ces résultats sont d’une utilité aux cliniciens pour le traitement des enfants atteints d’IRAS ainsi qu’aux autorités sanitaires pour la conception des protocoles de prise en charge. Par ailleurs, les investigations moléculaires soulignent l’importance de la mise en place d’une surveillance sentinelle afin de suivre l’évolution des génotypes du VRS pour la composition du futur vaccin.

Le Centre National de Référence pour la grippe (CNRG -Institut Pasteur de Bangui) organise la surveillance épidémiologique des virus grippaux en République Centrafricaine en observant et en apportant une expertise sur les virus grippaux et autres virus respiratoires qui circulent dans le pays. Sa mission consiste également à alerter les autorités de santé publique de tout événement pouvant menacer la santé de la population et de leur apporter un conseil scientifique. Ce réseau de surveillance épidémiologique des virus grippaux comptant 5 sites sentinelles mis en place depuis 10 ans que l’Institut Pasteur de Bangui renforce par la formation des médecins et techniciens de laboratoire et assure la partie laboratoire recherche. La surveillance syndromique est associée à la surveillance virologique pour mieux apprécier le niveau de circulation des virus Influenza en RCA, identifier leurs types et sous-types et décrire les autres virus respiratoires présents impliqués dans les IRAS. La République Centrafricaine fait partie du réseau mondial de surveillance virologique de la grippe depuis que l’OMS l’a identifiée comme pays ayant la capacité de poser un diagnostic virologique de la grippe. De ce fait, le CNRG-Institut Pasteur de Bangui transmet les virus grippaux isolés 2 fois par an à l’OMS afin d’aider à la formulation vaccinale annuelle. Afin d’améliorer la surveillance virologique et épidémiologique, la RCA contribue respectivement en 2017 et 2018 aux plateformes d’analyse de données (FluNet et FluId) opérationnelles élaborées par l’OMS. Deux autres, (PISA et BoD) sont en expérimentation pour l’évaluation de la sévérité de la grippe, l’estimation de son fardeau et ainsi combler le déficit des données épidémiologiques encore parcellaires.

2021-06-02T07:13:28+00:00juin 2nd, 2021|Actualités, ASIDE, Recherche|

29 mai 2021 – Tuberculose multirésistante en République Centrafricaine : le point sur le niveau actuel de la résistance aux antituberculeux de 1ère ligne

 

Les formes multirésistantes de la tuberculose notamment aux deux antibiotiques principaux prescrits en première intention, la rifampicine et l’isoniazide se développent et concernent la plupart des cas en République Centrafricaine. Cette résistance combinée entraîne l’inefficacité des traitements de première intention, une mortalité et une contagion accrues, et l’acquisition de résistances additionnelles à d’autres antituberculeux. Une étude menée par l’Institut Pasteur de Bangui sur 225 patients diagnostiqués tuberculeux a montré que 73,2% des résistances ont concerné à la fois la rifampicine et l’isoniazide. Et dans 34,2%, elles ont concerné tous les antituberculeux de première ligne.

Depuis la découverte du bacille tuberculeux par Robert Koch en 1882, la tuberculose continue d’être un problème de santé publique dans le monde. En 2018, L’OMS a rapporté 10 millions de cas de tuberculose dans le monde dont 1,2 million de décès hors patients VIH. Les cas de tuberculose multi résistante (TBMR) à la rifampicine et l’isoniazide étaient estimés à 484 000 dont 214 000 décès. Si la prévalence globale de la TBMR est estimée en 2018 à 3,4% chez les nouveaux patients et 18% des cas précédemment traités, des taux plus élevés ont été rapportés en Russie avec plus de 25% chez les nouveaux cas et plus de 50% chez les retraitements.

La pharmaco résistance apparait donc aujourd’hui comme un problème majeur dans la prise en charge de la tuberculose pulmonaire car si un patient a une tuberculose pharmaco résistante, sa maladie ne répondra pas à l’un des deux principaux antituberculeux que sont la rifampicine et l’isoniazide. Les deux principales causes du développement de la résistance aux médicaments sont connues pour être la non-observance du traitement prescrit et l’utilisation de schémas de traitement inadéquats.  Parmi les facteurs de risque importants de résistance aux médicaments, il a été rapporté le traitement antérieur avec des médicaments antituberculeux et le contact avec une personne atteinte de tuberculose pharmaco résistante.

L’émergence et la propagation de la TBMR constituent un véritable challenge pour la stratégie « Mettre fin à la tuberculose d’ici à 2035 » car elles compromettent tous les acquis des programmes mondiaux de lutte contre la tuberculose et menacent de déstabiliser la lutte mondiale contre cette maladie.

La prévalence de la TBMR augmente partout dans le monde, tant parmi les nouveaux cas de tuberculose que parmi ceux déjà traités alors que seulement 50% de ces patients atteints de TBMR ont été traités avec succès. Un patient atteint de TBMR est une source de danger pour la santé publique qui ne peut pas être sous-estimé.

La République Centrafricaine est l’un des pays ayant une forte charge tuberculeuse avec une incidence de 540/100 000 habitants mais à ce jour, il n’existe que des données partielles au niveau national sur la prévalence de la TBMR. Des études circonscrites réalisées en 2010 et en 2011 respectivement sur les résistances primaires et secondaires avaient rapporté 0,4% de résistances primaires et déjà 40% chez les retraitements…. Lire l’article.

L’Institut Pasteur de Bangui abrite le Laboratoire National de Référence de la Tuberculose (LNR-TB) pour le Programme National de Lutte contre la Tuberculose (PNLT) du ministère de la santé de la République Centrafricaine. Les activités du LNR-TB sont :

  • La coordination des 80 Centres de Diagnostic et de Traitement (CDT) de la République Centrafricaine ;
  • La formation initiale des techniciens en bacilloscopie ;
  • La fourniture des intrants et réactifs (bascilloscopie) à tous les CDT ;
  • La supervision des activités des CDT ;
  • L’organisation des Contrôles de Qualité Externe (CQE) pour tous les CDT ;
  • La surveillance de la TBMR dans le pays.

Prise en charge intégrée des cas de paludisme et lutte anti-vectorielle dans la communauté : étude pilote en République Centrafricaine

En République Centrafricaine, le poids du paludisme est très élevé chez les enfants de moins de 5 ans et les femmes enceintes. La Centrafrique affiche le deuxième taux de mortalité néonatale le plus élevé au monde derrière le Pakistan. Mais le paludisme reste la première cause de mortalité en Centrafrique, frappant particulièrement les enfants de moins de 5 ans et les femmes enceintes. Les deux tiers des consultations pédiatriques des enfants de moins de 5 ans sont liés au paludisme.

La Centrafrique vise les objectifs mondiaux de réduction de l’incidence et de la mortalité associée de 40% en 2020, 75% en 2025 et 90% en 2030. Un défi qui nécessite un effort de financement conséquent et continu notamment par la distribution de Moustiquaires Imprégnées d’Insecticides de Longue Durée (MIILD), des traitements antipaludiques, mais aussi des soins ainsi que des tests de diagnostic rapides et fiables.

Pour résoudre ce défi, le pays en 2015 a adopté la stratégie de la Prise en Charge Communautaire intégrée. Elle donne aux agents de santé communautaire (ASCs), les compétences nécessaires pour offrir des soins de proximité, en vue de réduire considérablement la morbidité et la mortalité dans la population des enfants de moins de 5 ans.

Dans le cadre du paludisme, l’Institut Pasteur de Bangui (IPB) appuie le Programme National de Lutte contre le Paludisme (PNLP) sur le volet évaluation de meilleures stratégies thérapeutiques pour lutter contre le paludisme. Durant les périodes du 8 au 10 décembre et du 14 au 16 décembre 2020, l’IPB a lancé les activités de l’étude « Prise en charge intégrée des cas de paludisme et la lutte anti-vectorielle dans la communauté : étude pilote en République Centrafricaine » à Gbozo dans l’Ombella M’poko et à Batalimo dans la Lobaye. Cette étude vise à estimer le nombre de cas de paludisme évités dans la zone couverte par le projet et son évaluation entomologique (vecteurs impliqués dans la transmission, taux d’inoculation entomologiques, Indice sporozoïtique, etc.). Elle a pour objectif de renforcer le réseau communautaire dans la lutte contre le paludisme dans les zones en difficultés en assurant un diagnostic et un traitement immédiat des cas du paludisme à domicile. Il s’agit d’un projet pilote dont les bénéficiaires directs sont les femmes enceintes et les enfants de moins de 5 ans. Cette étude est soutenue financièrement par le Rotary International (Rotary Club La Celle Saint Cloud /France), le Fond Mondial via World Vision par un don des MIILD et le PNLP. Les activités de lancement consistent à former et /ou recycler le personnel de santé et les leaders communautaires sur le diagnostic et le traitement du paludisme, le suivi clinique pour s’assurer de la guérison, l’assainissement de l’environnement et le rappel de l’importance des MIILD. Les agents de santé communautaire sont dotés de médicaments de première ligne pour le traitement du paludisme, microscopes, fiches d’inclusion, kits de laboratoire (Test de Dépistage Rapide, tubes de prélèvement, fournitures de bureau, etc.) et des MIILD.

Ce projet d’étude est l’une des preuves concrètes des objectifs du laboratoire d’entomologie médicale de l’IPB qui, depuis 2011, mène des études sur la connaissance des moustiques d’intérêt médical afin de déterminer le rôle épidémiologique de chaque espèce et proposer des moyens de prévention et de lutte efficaces. Ledit laboratoire est présentement le seul qui dispose d’infrastructures (laboratoire avec insectarium, animalerie etc.) et de personnel qualifié dans ce domaine en RCA. Aussi, ce laboratoire travaille en collaboration avec le laboratoire de Parasitologie, récemment ré-ouvert sur des thématiques visant le paludisme.

2021-02-13T12:29:26+00:00février 13th, 2021|Actualités, Recherche, Rotary|

16 novembre 2020 – Pourquoi envisager le diagnostic de l’hépatite E chez les enfants vivants avec le VIH souffrant de malnutrition aigüe sévère en République Centrafricaine ?

Le premier cas documenté d’un enfant malnutri de 36 mois co-infecté VIH/VHE en République Centrafricaine démontre que cette co-infection chez un enfant souffrant de malnutrition aiguë sévère peut accélérer une issue fatale. Il est important de rechercher aussi bien le VHE que les parasites intestinaux chez des enfants malnutris vivants avec le VIH afin d’éviter d’éventuelles complications fatales.

L’infection par le virus de l’hépatite E (VHE) est une cause d’hépatite virale à travers le monde et une préoccupation majeure de santé publique. Le VHE peut donner une hépatite fulminante sévère et surtout dangereuse pour les femmes enceintes. Il existe 4 génotypes du VHE. Les génotypes 1 et 2 sont souvent transmis à travers la consommation d’eau souillée par les matières fécales. Ces génotypes sont ubiquitaires mais rencontrés le plus souvent dans les pays à faible niveau d’hygiène. Le génotype 3 est d’origine zoonotique et plus souvent rencontré dans les pays développés alors que le génotype 4 est plus spécifiquement décrit en Chine.

La caractérisation moléculaire de la souche de VHE isolée chez un enfant de 36 mois infecté par le VIH au Centre Hospitalier Universitaire Pédiatrique de Bangui, a révélé qu’il s’agissait du génotype 3c (doi:10.3390/idr12030017). C’est la première fois que le génotype 3 est isolé en République Centrafricaine bien qu’il soit à l’état endémique dans le pays. De plus, c’est également la première fois, au niveau mondial, que ce génotype soit isolé chez un enfant infecté par le VIH souffrant de malnutrition aiguë sévère. Ce résultat montre que devant des cas de malnutrition aiguë sévère, surtout dans les pays à faible niveau d’hygiène, il est nécessaire de procéder aussi bien à la recherche des parasites intestinaux que du VIH et de VHE afin d’éviter d’éventuelles complications dues à ces virus.

2020-11-16T12:45:59+00:00novembre 16th, 2020|Actualités, Recherche|

09 novembre 2020 – La toute première série de cas de septicémie néonatale à Burkholderiacenocepacia IIIA jamais rapportée en République centrafricaine

Une étude décrit pour la toute première fois en République Centrafricaine des cas de bactériémie à Burkholderia cenocepacia IIIA jamais rapportés   auparavant chez des nouveau-nés dans une maternité de Bangui et prouve l’efficacité de l’analyse de séquence multilocus (MLSA) pour l’identification précise de l’espèce Burkholderia cenocepacia.

Les bactéries du complexe Burkholderia cenocepacia (Bcc) sont des agents pathogènes humainspouvant entraîner des infections sévères chez les personnes atteintes de mucoviscidose et chez les immunodéprimés. Elles ont une transmissibilité élevée en milieu hospitalier, une résistance intrinsèque à de nombreux antibiotiques et peuvent survivre en présence de certains désinfectants. L’analyse biochimique des espèces parmi les Bcc est peu discriminante et conduit souvent à des erreurs d’identification. Les cas pédiatriques sont rarement rapportés, encore plus dans les pays en développement.

Du 07/01/2018 au 08/02/2018, dans une maternité de Bangui, cinq nouveau-nés , par accouchement vaginal (4) et césarienne (1)  elles ont été admises à la maternité néonatale en raison d’un risque d’infection (deux nouveau-nés), d’asphyxie sévère (un) ou de prématurité (un). Lors de l’admission, ils ont tous été suspectés de septicémie, présentant une fièvre traitée par ampicilline et gentamicine (antibiothérapie de première intention selon le protocole clinique). Ils ont tous été changés en deuxième ligne pour lacéfotaxime, après au moins 48 heures de première ligne. Quatre des nouveau-nés ont guéri, tandis que le cinquième est décédé.

Des échantillons de sang ont été prélevés sur ces enfants symptomatiques après 48 heures de non-réponse à la première ligne et soumis au laboratoire de bactériologie de l’Institut Pasteur de . Tous les échantillons étaient positifs en bactériologie conventionnelle pour un bacille Gram négatif identifié comme Burkholderia cepacia par API 20NE. De plus, les souches étaient résistantes à la pipéracilline, à la ticarcilline-clavulanate, à la ceftazidime, au céfépime, à l’imipénem et à la gentamicine, mais trois isolats sont restés sensibles au cotrimoxazole.  Comme B. cepacia n’avait jamais été isolé auparavant à partir d’une hémoculture en RCA, nous avons choisi d’identifier la souche en utilisant le typage moléculaire. Une expérience de séquençage de fusil de chasse du génome entier et l’assemblage des cinq colorants, nommés 18-0020, 18-0021, 18-0022, 18-0023 et 18-0024, a été réalisée en utilisant la technique de séquençage de nouvelle génération (NGS) (Illumina Miseq) ]. L’arbre de Neighbor-Joining (NJ) dérivé des séquences des gènes atpD, gltB, gyrB, recA, lepA, phaC, trpB a montré que les cinq isolats appartiennent à Burkholderia cenocepacia IIIA. Les cinq isolats étaient identiques à 100% pour chaque partie interne des gènes domestiques sélectionnés.

Cette étude https://www.panafrican-med-journal.com/content/article/36/330/fullest une grande première en Centrafrique et représente un grand espoir dans la lutte contre ces infections néonatales contres lesquelles les cliniciens sont relativement impuissants. Elle démontre également l’application d’une méthode moléculaire basée sur le schéma MLSA pour identifier avec précision l’espèce B. cenocepacia III A car les méthodes phénotypiques basées sur l’analyse biochimique se sont avérées non appropriées pour l’identification Bcc.

2020-11-09T14:44:27+00:00novembre 9th, 2020|Actualités, Recherche|

07 novembre 2020 – Comment la septième épidémie de Vibrio cholerae O1 sous-lignées a eu lieu en République centrafricaine de 1997 à 2016 ?

Une étude phylogénétique révèle la généalogie de la bactérie Vibrio cholerae à l’origine des quatre flambées de choléra connues en République centrafricaine entre 1997 et 2016. L’étude a montré que les isolats de flambée étaient de Vibrio cholerae O1 sérotype Inaba de trois septièmes sous-lignées de la septième épidémie tous originaires d’Afrique de l’Ouest (sous-lignées T7 et T9) ou de la Région des Grands Lacs Africains.

La souche de sérogroupe Vibrio cholerae O1 est une bactérie à Gram négatif causant le choléra, une maladie d’origine hydrique et alimentaire ayant un potentiel épidémique et pandémique. Cette infection intestinale aiguë peut provoquer chez les patients une déshydratation conduisant à la mort. Vibrio cholerae O1 se divise en deux sérotypes, Inaba et Ogawa.

La République Centrafricaine (RCA) a été confrontée à quatre flambées de choléra entre 1997 et 2016. Le premier épisode de l’épidémie de choléra s’est déclaré entre temps en 1997 dans la localité de Ngaoundaï, une zone frontalière avec le Tchad. Le 30 septembre 2011, elle a resurgi dans le sud-est du pays touchant quelques zones frontalières avec la RDC dans la préfecture sanitaire de la Lobaye puis dans l’Ombella Mpoko, dans les villages de Sédalé, Ngbango, Bongo et Zinga situés le long du fleuve. La troisième épidémie de choléra a été déclarée le 10 août 2016. Elle a débuté à Djoukou, une région située le long de la rivière Oubangui à 100 km en amont de la capitale, Bangui. Dans cette région, les populations ont peu ou pas accès à l’eau potable et utilisent la rivière Oubangui comme source principale d’approvisionnement en eau. Des personnes contaminées voyageant à bord de bateaux surpeuplés ont transporté la bactérie en aval. La quatrième épidémie a été déclarée le 15 octobre 2016 dans le village de Gbabaté située sur le fleuve Oubangui dans la sous-préfecture de Kouango.

Les données phylogénétiques ont montré que les souches 7PET à l’origine des flambées de choléra de 2011 et 2016 en RCA se sont propagées de la Région des Grands Lacs Africains à la partie occidentale de la RDC et de la RCA.

Sauf lors de l’épidémie dans le nord-ouest de la RCA en 1997, tous les cas de choléra ont été signalés le long ou à proximité de la rivière Oubangui, ce qui suggère que les souches de 7PET se sont probablement déplacées de zone en zone le long des routes commerciales et avec le déplacement des populations humaines.

La septième pandémie de choléra (dont on fixe le début à 1961)1 est l’épidémie de choléra actuellement en cours. Elle est due au Vibrio cholerae (vibrion cholérique), qui sévit sous forme de vagues épidémiques successives dans une partie du monde depuis les années 1960, notamment dans plusieurs pays en développement où manquent les accès à l’eau propre et à l’assainissement, comme la République démocratique du Congo et Haïti2 ; cette épidémie n’est toujours pas maitrisée en 2018 (1 304 décès ont été répertoriés en 2015). (Source wikipédia)

L’étude « Septième épidémie de Vibrio cholerae O1 sous-lignées en République centrafricaine, 1997-2016 » a cherché à mieux comprendre comment cette souche a circulé en République Centrafricaine.

2020-11-07T11:43:26+00:00novembre 7th, 2020|Actualités, Recherche|

13 octobre 2020 – Comment l’étude AFRIBIOTA enrichit la culture en santé publique de la population centrafricaine

L’étude AFRIBIOTA conduite en République Centrafricaine de 2017 à 2019 par l’Institut Pasteur de Bangui a approfondi notre compréhension sur les mécanismes fondamentaux des interactions hôte-microbiote dans la dénutrition infantile. Elle a permis l’identification des bactéries qui interagissent le plus avec la muqueuse intestinale. L’étude a été publiée dans le Journal “Microbiome” le 27 Juillet 2020 https://microbiomejournal.biomedcentral.com/articles/10.1186/s40168-020-00890-1 et pour mieux comprendre, le film d’annonce est à découvrir sur youtube  https://youtu.be/Dlt6QR4qUnQ

La dénutrition infantile est le fait qu’un enfant soit dans un état maladif dû au déséquilibre entre les apports nutritionnels et les besoins de son organisme. Ce problème mondial de santé publique est souvent associé à un mauvais assainissement et à une perturbation de la flore intestinale ou microbiote (la communauté de microbes qui peuple notre intestin). L’immunoglobuline (Ig) A, une protéine jouant le rôle de barrière empêchant la plupart des pathogènes de se lier aux cellules des muqueuses, est secrétée par l’intestin et intervient dans le bon équilibre du microbiote. L’étude AFRIBIOTA a cherché à déterminer si la dénutrition chronique traduit par le retard de croissance ou l’inflammation intestinale était associée à la reconnaissance des anticorps du microbiote (immunoglobuline Ig A). L’étude avait pour but d’élucider les mécanismes biologiques qui contribuent à la malnutrition chronique chez les enfants de 2-5 ans en utilisant deux populations géographiquement distinctes, à Antananarivo (Madagascar) et à Bangui (République Centrafricaine). Il en résulte que les enfants présentant un retard de croissance avaient une plus grande proportion de bactéries ciblées par les IgA par rapport aux enfants sans retard de croissance. Cette tendance était cohérente dans les deux pays, malgré un ciblage IgA global plus élevé à Madagascar. Les enfants sous-alimentés sont porteurs d’une forte charge d’agents pathogènes intestinaux et de pathobiontes (bactéries rendant malade seulement sous certaines conditions). Deux pathobiontes putatifs, Haemophilus, qui peut provoquer des maladies respiratoires et Campylobacter, responsable de diarrhées, étaient majoritairement ciblés par les IgA intestinales.

Cette étude a également mis en évidence d’autres résultats intéressants sur les facteurs associés à la malnutrition chronique chez les enfants à bas âge dans ces deux pays ainsi que les facteurs de risque liés à l’anémie chez les enfants de 2-5 ans en République centrafricaine.

2020-10-23T10:38:08+00:00octobre 23rd, 2020|Actualités, AFRIBIOTA, Recherche|

3 juin 2020 – Une nouvelle mutation de Plasmodium falciparum dévoilée en République Centrafricaine.

Une nouvelle étude portant sur les marqueurs de résistance aux médicaments chez le parasite du paludisme en République Centrafricaine, publiée dans Malaria Journal, révèle l’absence à Bangui de souches de Plasmodium falciparum portant des mutations décrites dans la résistance à l’artémisinine.  En revanche, cette étude identifie une mutation probablement jamais observée auparavant et dont le phénotype n’est pas encore connu. L’étude a par ailleurs mis en évidence la circulation de Plasmodium ovale en co-infection avec Plasmodium falciparum, l’espèce prépondérante du parasite responsable du paludisme.

En 2018, le nombre de cas de paludisme dans le monde a été estimé à 228 millions. La plupart des cas (213 millions ou 93 %) ont été enregistrés en 2018 en Afrique. Cette même année, dix-neuf pays d’Afrique subsaharienne et l’Inde ont concentré 85% du nombre total de cas dans le monde. Plasmodium falciparum est le parasite du paludisme le plus prévalent en Afrique ; il est en effet à l’origine de 99,7 % des cas de paludisme estimés en 2018. Au niveau mondial, le nombre de décès dus au paludisme a été estimé à 405 000 en 2018 et à elle seule, l’Afrique a enregistré 94 % des décès liés au paludisme dans le monde en 2018. (https://www.who.int/malaria/media/world-malaria-report-2019/fr/)

Le suivi de l’efficacité des antipaludiques est un élément essentiel de la lutte contre le paludisme du fait de l’apparition régulière d’une résistance de Plasmodium falciparum à plusieurs antipaludiques ces dernières décennies. L’émergence et la propagation de la résistance à l’artémisinine, le traitement de première ligne actuel pour le paludisme simple, met en danger les progrès substantiels de l’élimination du paludisme dans le monde.

C’est dans ce contexte que le laboratoire de parasitologie de l’Institut Pasteur de Bangui a réalisé une étude moléculaire pouvant guider la lutte contre le paludisme et répondre au défi de la résistance à l’artémisinine en République Centrafricaine, pays d’endémie palustre. L’objectif était d’estimer la proportion d’isolats de de P. falciparum portant des mutations décrites dans la résistance à l’artémisinine. Cette étude a indiqué l’absence de souches aux mutations associées à la résistance à l’artémisinine à Bangui, capitale de la République Centrafricaine. Dans cette étude, il a été mis en évidence la circulation du Plasmodium ovale en co-infection avec le Plasmodium falciparum. L’observation des marqueurs moléculaires de la résistance aux médicaments chez ces parasites responsables du paludisme a révélé la circulation d’une souche non caractérisée dont on ignore si elle est résistante ou non. Le décryptage de cette souche dans une étude future plus représentative permettra de définir le profil de ce polymorphisme.

L’article a paru dans Malaria Journal le 24 mai 2020 sous le titre « Molecular Assessment of kelch13 Non-Synonymous Mutations in Plasmodium Falciparum Isolates From Central African Republic (2017-2019) ».

2020-06-03T12:17:21+00:00juin 3rd, 2020|Actualités, News, Recherche|